Les thèses de Pomeyrol sont rédigées les 16 et 17 septembre 1941, au début de la Seconde Guerre mondiale, afin de fonder théologiquement la résistance au nazisme. Ses auteurs sont des jeunes et anciens de la Fédé, réunis à l’initiative du pasteur Visser’t Hooft. Sont présents les pasteurs Roland de Pury, Georges Casalis (secrétaire général de la Fédé), Pierre Courthial, Jacques Deransart, Henri Eberhard, André Vermeil, Jean Gastambide (secrétaire général de la Fédération des éclaireurs unionistes), Jean Cadier, Henri Clavier, Paul Conord, Pierre Gagnier, André de Robert, ainsi que trois laïcs : Madeleine Barot (de la CIMADE), Suzanne de Dietrich et René Courtin, professeur à la Faculté de droit de Montpellier. Ils se réunissent au domaine Pomeyrol, à Saint-Étienne-du-Grès, dans les Bouches-du-Rhône.
Le document prend la forme de huit thèses, aussitôt appelées « thèses de Pomeyrol », qui s’inspirent de la déclaration théologique allemande de Barmen, dont Karl Barth a été en mai 1934 l’un des principaux rédacteurs. Il affirme « la nécessité spirituelle de résistance à toute influence totalitaire et idolâtre » et dénonce surtout la politique française à l’égard des juifs.
Le groupe n’a reçu aucun mandat officiel de l’É.R.F., mais propose l’étude des thèses aux réunions pastorales, aux conseils presbytéraux et aux Synodes. Dans les jours qui suivent, se tient à Pomeyrol un congrès de la Post-Fédé autour au thème du « message de l’Église au monde dans les circonstances exceptionnelles de ce temps ». Le Service œcuménique de presse et d’information publie immédiatement les thèses. Le Conseil national de l’É.R.F. les envoie aux présidents des conseils régionaux, il est étudié par les synodes. Le texte est ensuite diffusé au sein de l’Église réformée de France, et dans les revues clandestines Foi et Vie, Christianisme social et Témoignage chrétien.